Vladislovas Sirokomlė rašė, kad Rukainiuose buvo kaimo mokykla. Archyviniai dokumentai tai patvirtina. 1874 metų Vilniaus mokyklų apygardos žiniose rašoma: „Rukainių liaudies mokykla Rukainių valsčiuje įkurta 1854 metais. Ji buvo valdiškame name, ir mokėsi joje 33 mokiniai. Vieno mokinio išlaikymui Vilniaus gubernatoriaus potvarkiu kasmet iš turtingų valstiečių mokesčių buvo skiriama 209 rubliai”. Nuo 1872 metų rugsėjo 1-osios dienos mokyklos globėja buvo tituliarinio patarėjo našlė Aleksandra Bogojevskaja, kuri buvo baigusi Jelizavetos mokyklą Sankt-Peterburge. 1896 metais mokykloje jau mokėsi 62 mokiniai. 1911 metais mokėsi 60 mokinių, kurių amžius nuo 9 iki 17 metų. Veikė triklasė pradinė rusų kalba dėstoma mokykla. 1932 metais lenkų valdžia įvedė naują tvarką mokyklose. Mokytis buvo priimami vaikai nuo 7-rių metų. Mokyta lenkiškai. Nuo 1932 iki 1937 metų veikė triklasė mokykla, vėliau tik pradinė mokykla. Po karo, 1944 metais, Rukainiuose – triklasė lietuviška pradinė mokykla. Mokyklos vedėjas – mokytojas Juozas Pipiras. Reorganizavus mokyklą Juozas Pipiras dėstė lietuvių kalbą ir literatūrą iki 1967 metų, bet prisimenamas iki šių dienų. Nuo 1949 metų – jau septynmetė mokykla. Mokinių skaičius didėja ir nuo 1955 metų mokykla tampa vidurine, o direktorius Jonas Širvinskis. Pirmoji abiturientų laida 1957 metais. Mokyklos klasės buvo trijuose pastatuose, kurių plotas buvo 420 kv.m. 1961 metais buvo pastatytas priestatas, kuriame buvo 4 klasės ir dirbtuvės. Mokyklos patalpų plotas buvo 649 kv. m. 1967 metais mokyklos patalpų plotas jau buvo 790 kv. m. 1971-1972 mokslo metais mokykloje įvestos karinio parengimo pamokos. 1974 metais mokykloje veikė neakivaizdinės mokyklos skyrius. Jame mokėsi 21 darbininkas. 1974 metais mokykloje buvo įrengti 9 kabinetai. Mokykloje vyko įvairi ir įdomi užklasinė veikla. Buvo organizuojamos išvykos į teatrus, muziejus, ekskursijos į istorines vietas. Labai aktyvūs mokyklos sportininkai. Jie visada buvo ir yra rajono sportininkų pirmose gretose. Mokykloje turtinga biblioteka. 1974 metais joje buvo 7642 knygos. Tikra šventė Rukainiuose buvo 1975 metų rugsėjo 1-ją dieną. Buvo atidaryta naujoji Rukainių vidurinė mokykla. Ją statė Vilniaus mechanizuota kolona. Mokykla buvo pastatyta labai greitai. Mokyklos istorija jau skaičiavo 122 metus… Pradedant 1955 metais mokykla iki 1975 metų išleido 18 abiturientų laidų. Gėlės, tautinės juostos, didžiulis naujosios mokyklos raktas direktoriaus rankose, tautiniai šokiai, dainos papuošė šventę. Naujosios mokyklos atidarymo juostą perkirpo respublikos švietimo ministras A.Rimkus. Dovana buvo tikrai įspūdinga. Tuo metu mokyklos direktoriumi dirbo Leonidas Polonskis. Pastačius naują mokyklos pastatą, iš karto pasikeitė mokyklos darbas. Atsirado naujai įrengti kabinetai, daug klasių. Mokykla pradėjo dirbti viena pamaina. Mokyklos patalpų plotas išsiplėtė iki 3442,77 kv.m.. Naujame pastate šiuo metu yra 22 kabinetai, jauki valgykla, puiki sporto salė. 2003 metais, įsigijus naujus kompiuterius, įrengtas modernus informatikos kabinetas.
Ryškų pėdsaką mokyklos gyvenime paliko dirbę mokytojai, tai: Sofija Vosylienė – lietuvių kalbos ir literatūros mokytoja, užklasinio daro organizatorė; Rišard Onisko – lenkų kalbos ir literatūros mokytojas; Alfreda Cechanovič – muzikos mokytoja; Regina Kuzmicka – istorijos mokytoja; Lidija Bogoliubova – rusų kalbos ir literatūros mokytoja, internato vedėja; Larisa Kreidič – rusų kalbos ir literatūros mokytoja; Marija Kardis – vokiečių kalbos mokytoja; Vanda Jankovskaja – rusų kalbos ir literatūros mokytoja, vėliau internato vedėja; Ana Sobolevskaja – pradinių klasių mokytoja.
Mokyklos kolektyvas stengiasi neatsilikti nuo mokyklos reikalavimų. Mokykloje dirbama pagal profiliuoto mokymo sistemą. Mokinius, jų tėvus ir pedagogus sieja glaudūs bendradarbiavimo ryšiai. Mokykloje aktyvi popamokinė veikla: vyksta dažni koncertai, kuriuose dalyvauja mokiniai ir svečiai, susitikimai, konkursai, olimpiados, vykdomos ekskursijos, aktyviai dirba būreliai. Mokykla tapo dvikalbe. Dauguma moksleivių mokosi lenkų kalba dėstomose klasėse, yra negausios lietuviškos klasės.